| Код НЭИКОН | Организация | Сент. 2011 | Окт. 2011 | Всего 2011 |
| 4237 | Научная библиотека МГУ им. Ломоносова | 884 | 829 | 7772 |
| 274 | Государственный университет - Высшая школа экономики | 323 | 624 | 4352 |
| 185 | Санкт-Петербургский государственный университет | 320 | 498 | 3363 |
| 573 | Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН | 205 | 256 | 2692 |
| 2483 | Иркутский научный центр СО РАН | 164 | 394 | 2563 |
| 2924 | Российский кардиологический научно-производственный комплекс Росздрава | 335 | 365 | 2053 |
| 2511 | Библиотека по естественным наукам РАН | 142 | 145 | 1638 |
| 657 | Томский государственный университет | 118 | 236 | 1551 |
| 6055 | Московская государственная юридическая академия | 125 | 289 | 1545 |
| 16811 | Федеральный Центр сердца, крови и эндокринологии им. В.А.Алмазова Федерального агентства по высокотехнологичной медицинской помощи | 303 | 314 | 1205 |
| 19281 | Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б.Н.Ельцина | 24 | 58 | 1150 |
| 285 | Донская государственная публичная библиотека | 212 | 25 | 1143 |
| 2632 | Казанский научный центр РАН | 32 | 0 | 962 |
| 494 | Уфимский государственный авиационный технический университет | 353 | 95 | 941 |
| 5901 | Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН | 98 | 95 | 912 |
| 156 | Российская государственная библиотека | 43 | 21 | 798 |
| 2819 | Институт цитологии РАН | 66 | 69 | 774 |
| 2571 | Государственная публичная научно-техническая библиотека России | 0 | 127 | 749 |
| 785 | Казанский федеральный университет | 27 | 59 | 674 |
| 6722 | Сибирский федеральный университет | 102 | 251 | 667 |
| 1865 | Научно-исследовательский институт физико-химической медицины, Федеральное медико-биологическое агентство России | 47 | 58 | 601 |
| 313 | Московский государственный институт международных отношений (университет) Министерства иностранных дел Российской Федерации | 49 | 239 | 583 |
| 449 | Воронежский государственный университет | 88 | 60 | 580 |
| 369 | Европейский Университет в Санкт-Петербурге (Институт) | 39 | 88 | 550 |
| 450 | Институт химической физики им. Н.Н.Семенова РАН | 77 | 22 | 536 |
| 2683 | Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН | 40 | 67 | 508 |
| 269 | Свердловская областная универсальная научная библиотека им. В.Г.Белинского | 40 | 16 | 468 |
| 724 | Биолого-почвенный институт ДВО РАН | 36 | 62 | 459 |
| 856 | Российский университет дружбы народов | 17 | 97 | 457 |
| 2301 | Финансовая академия при Правительстве Российской Федерации | 10 | 39 | 426 |
| 2840 | Институт биологии внутренних вод им. И.Д.Папанина РАН | 12 | 9 | 421 |
| 2567 | Институт белка РАН | 45 | 43 | 393 |
| 2715 | Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза Уральского отделения Российской академии наук | 24 | 39 | 376 |
| 618 | НИЯУ МИФИ | 145 | 95 | 376 |
| 336 | Зональная научная библиотека им. В.А.Артисевич Саратовского госуниверситета | 8 | 28 | 355 |
| 223 | Южный федеральный университет | 51 | 30 | 342 |
| 373 | Петрозаводский государственный университет | 13 | 36 | 317 |
| 2880 | Пермский государственный университет | 33 | 38 | 317 |
| 2565 | Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН | 17 | 19 | 297 |
| 1258 | Московский государственный технический университет им. Н.Э.Баумана | 10 | 5 | 295 |
| 981 | Томский политехнический университет | 20 | 14 | 281 |
| 2412 | Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН | 21 | 14 | 260 |
| 801 | Мурманская государственная областная универсальная научная библиотека | 14 | 6 | 249 |
| 2709 | Институт экспериментальной минералогии РАН | 31 | 9 | 243 |
| 241 | Всероссийский институт научной и технической информации РАН | 6 | 17 | 241 |
| 497 | Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского | 31 | 34 | 241 |
| 359 | Институт вулканологии и сейсмологии ДВО РАН | 29 | 25 | 215 |
| 2556 | Институт математических проблем биологии РАН | 19 | 15 | 208 |
| 2547 | Институт вычислительного моделирования Сибирского отделения Российской академии наук | 13 | 9 | 204 |
| 333 | Алтайский государственный университет | 1 | 0 | 162 |
| 2350 | Вятский государственный университет | 5 | 6 | 155 |
| 254 | Алтайская краевая универсальная научная библиотека им. В.Я.Шишкова | 39 | 20 | 153 |
| 634 | Кемеровский государственный университет | 25 | 1 | 150 |
| 2843 | Институт физиологии им. И.П.Павлова РАН | 18 | 26 | 135 |
| 2520 | Институт проблем химической физики РАН | 11 | 32 | 133 |
| 2812 | Институт биохимии и физиологии микроорганизмов РАН | 0 | 10 | 117 |
| 2516 | Институт химической кинетики и горения Сибирского отделения Российской академии наук | 12 | 11 | 94 |
| 361 | Санкт-Петербургская медицинская академия последипломного образования Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию | 5 | 5 | 91 |
| 982 | Национальная библиотека Республики Карелия | 0 | 0 | 81 |
| 451 | Институт "Московская высшая школа социальных и экономических наук" | 0 | 17 | 49 |
| 13588 | Научная педагогическая библиотека им. К.Д.Ушинского | 0 | 0 | 25 |
| 2591 | Красноярский научный центр Сибирского отделения РАН | 0 | 0 | 14 |
| 5973 | Кузбасский государственный технический университет | 0 | 0 | 2 |
| 201 | Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации | 0 | 0 | 0 |
| 4160 | Институт кристаллографии им. А.В.Шубникова РАН | |||
| Всего НЭИКОН | 4977 | 6111 | 49664 |